细胞焦亡是一种新型的程序性细胞死亡形式,可以调节肿瘤细胞增殖、入侵和转移,从而影响癌症患者的预后。
,PPI网络表明 CASP1、CASP5、CASP8、NLRP1、NLRP3 和 PYCARD 是hub基因。
,其中错义突变是最常见的变异(图1B)。SNPs是最常见的变异类型,C A是最大的SNV类。在33个细胞焦亡基因中,NLRP3是突变频率最高的基因,其次是NLRP7和NLRP2(图1C)。同时,在这33个基因中有一半以上都有拷贝数扩增(图1E)。突变频率和肿瘤瀑布图可以由maftools包绘制。23种染色体上细胞焦亡基因的C
作者使用TIMER数据库()分析了上文鉴定的预后焦亡基因与免疫浸润之间的相关性。可以使用TIMER数据库 的“gene”模块复现(图5)。
肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)可以作为肿瘤的预后标志物,
临床生信之家复现(图6)。我们发现,上文鉴定的5个有预后价值的焦亡基因许多与免疫细胞、TMB、MSI相关。另外,
NLRP7、NLRP2、NOD1和CASP6的表达与药物靶点呈正相关。意昂2平台