日本国立大学收费标准基本相同，很少会出现变动的情况。一般来说，总费用是由学费54万日元(约34513RMB)、入学金28万日元(约18165RMB)和入学考试费17，000日元(约1095RMB)而构成，合计约为834，800日元(约53772RMB)，这个费用在众多留学国家中处于一个较低的水平。
日本私立由于学校和专业不同，具体的收费标准也就大不一样。入学金一般有200，000日元(约12883RMB)和300，000日元(约19324RMB)两种学费70万~200万日元(约45090RMB~128826RMB)不等。通常来说人文社科、商科类专业费用较低，而理工类、艺术类偏高；金融、法学、医药、各大学王牌专业最高。
通常情况下，初到日本的留学生会选择学校宿舍，国立大学的宿舍费用每月约为5000-20000日元(约322RMB~约1288RMB)。没有申请到学校宿舍的同学就需要在校外租房了，公寓的租金较贵，每月约在6万日元(约3865RMB)，并且在签订合同之后，还需要额外支付礼金、押金、中介费，并要找到担保人。另外还有水电煤气网费等，所以建议同学们最好到日本之前就找好住所，以免到时候手忙脚乱。
日本交通费应该要比国内翻一倍，常见的出行方式分为地铁、火车、新干线和巴士这几种。以东京为例，地铁成人单程票价约为160日元起步，根据目的地的远近不同，依次为190、230、270、300日元不等；搭乘火车，东京内通行130~210日元；新干线的票价以线路定，比如东京到大阪约为13750日元，东京到仙台10590日元，东京到广岛18050日元不等；巴士基本为200~230日元；打车的线日元。
日本政府规定，凡是在日本停留一年以上的人都必须加入“国民健康保险”。加入者在因生病或受伤到医院或诊疗所就医时，只要支付医疗费总额的30％就可以了，余下的70%由保险负担。这个费用每年约为20000日元左右(约1288RMB)。与此同时，留学生在入学后还会自动加入外国人留学生医疗费补助体系。
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